Не обійшла селище і війна. 11 жовтня 1941 року фашисти захопили селище Панютине, у цехах вони не знайшли жодного станка, жодного кубометра лісу і жодного кілограма металу.
21 жовтня завод було евакуювано в місто Боготол, Красноярського краю, де, невдовзі, він продовжив роботу.
Більше 200 вагоноремонтників боролись з фашистськими загарбниками на фронтах Великої Вітчизняної війни.
| Герой Радянського Союзу танкіст А.Т.Удовиченко | |
| Герой Радянського Союзу льотчик Ю.Я.Чепіга | |
| Герой Радянського Союзу І.М.Середа | |
| відомий радянський юрист і дипломат І.П.Власов | |
З січня 1942 року до вересня 1943 року Панютине переходило три рази з рук в руки. Тільки 16 вересня 1943 року радянські війська повністю звільнили селище від фашистських окупантів.
За мужність і відвагу, виявлені на фронтах Великої Вітчизняної війни, 247 працівників і службовців завода були нагороджені орденами і медалями.
20 жовтня 1943 року в Панютине прибув перший ешелон з Боготола з робітниками і службовцями завода. Їх очам відкрилась картина страшних руйнувань. Від заводських корпусів залишились гори цегли і обгорілих конструкцій.
Наступного ж дня, після прибуття ешелона з Боготола, почались роботи по відновленню підприємства. Мешканці робочого селища, всі, хто міг тримати в руках лопату, кирку і ноші, брали участь у цих роботах.
Відновлення заводу ускладнювалось тим, що панютинські вагоноремонтники, виїзджаючи з Боготола, не взяли з собою жодного верстата, жодного пристосування. Все потрібно було починати спочатку, на голому місці зводити новий завод.
Життя в селищі налагоджувалося...
І сьогодні панютяни свято чтуть пам'ять своїх товаришів, які віддали життя за Батьківщину. В заводському сквері установлено монумент із темного граніту і запалений вічний вогонь слави. На гранітних плитах висічені їх імена.
В центрі селища, у великому зеленому сквері є братська могила і пам'ятник воїнам, які загинули, визволяючи Панютине. Він був установлений в 1955 році на честь 10-ліття розгрому фашистських окупантів. На мраморних плитах обеліска золотими літерами викарбовані їх імена.